在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。
